Dentro de la serie, Itachi es famoso por su dominio de todas las habilidades ninja. Su habilidad para ejecutar velozmente los ataques es una de sus muchas habilidades, además de hablar antes de hacerlos. Por lo general Itachi no participa en las batallas, sino que adopta la posición de estudiar los movimientos del enemigo para tomar precauciones y hacer estrategias que permitan derrotarlo de una manera más sencilla.
Como todo Uchiha, Itachi posee un Sharingan; técnica ocular con la que se es capaz de copiar todo tipo de técnicas de sus enemigos, lográndose anticiparse a los movimientos del contrario y verlos por muy rápidos que sean. Madara Uchiha le dijo a Itachi que había un poder más elevado que el sharingan normal el Mangekyō Sharingan pero con una condición, asesinar a su mejor amigo. El Uchiha asesina a su mejor amigo (Shisui Uchiha) de esta forma hace que el Sharingan avance a su siguiente nivel: el Mangekyō Sharingan. Cuando lo activa, el Mangekyō Sharingan cambia totalmente la apariencia del Sharingan y le concede a Itachi habilidades derivadas de la Mitología japonesa. El primero, el Tsukoyomi, es un genjutsu de avanzado nivel que permite al que lo usa controlar la mente del enemigo haciéndole creer que está siendo torturado en un mundo creado por el usuario, esta técnica se ha convertido en una de las armas principales del Uchiha. El segundo, Amaterasu, genera flamas negras en el punto focal que arden a la temperatura de la superficie del sol y que no se extinguen hasta haber incinerado su objetivo. La técnica final, Susanoo, crea una gran criatura etérea y esquelética que progresivamente se convierte en un ser llameante de pronunciada nariz y demoníaco rostro, esta criatura puede proteger a su invocador de los ataques y pelear por él. A pesar de la eficacia de las técnicas, el Mangekyō Sharingan deteriora la vista de Itachi hasta el punto de dejarlo completamente ciego.
· Sharingan: en el manga y anime de Naruto, es una técnica de línea sucesoria que sólo poseen los miembros del Clan Uchiha de la Aldea Oculta de Konoha, del País del Fuego.
Los motivos exactos para despertar el Sharingan no se saben ciertamente, aunque muchos creen que para despertarlo se ha de estar en una situación muy peligrosa o que amenace su vida, así el cuerpo, despierta el Sharingan para protegerse. El Sharingan es un Dōjutsu (técnica ocular); se caracteriza porque el que lo tiene, una capa de sangre cubre la pupila haciendo el ojo color rojo con dos o tres marcas en forma de coma apuntando a la pupila dependiendo del desarrollo de su técnica. Con esta técnica, su propietario es capaz de copiar todo tipo de técnicas de sus enemigos, incluyendo Taijutsu (cuerpo a cuerpo), Genjutsu (técnicas ilusorias) y Ninjutsu (técnicas ninja), excepto otras técnicas de línea sucesoria y Ninjutsus de rango S (como lo explica Kakashi con el Futon: Rasen Shuriken de Naruto); el Sharingan puede anticiparse a los movimientos del contrario y verlos por muy rápidos que sean, pero esto depende de las aspas (nivel) del Sharingan, además este ojo puede ver entre varios clones el verdadero aunque sean de sombras, cosa que otro Dojutsu como el Byakugan no puede hacer.
Otra de las habilidades del Sharingan es la capacidad de poder ver el color del Chakra, como lo dice Sasuke en su batalla con Deidara; ya que pudo ver el chakra del C4 Garuda.
· El Mangekyō Sharingan es la forma más avanzada del Sharingan, que según Itachi Uchiha sólo dos personas poseen, siendo una de ellas el propio Itachi Uchiha. Posteriormente se revela que la segunda persona es Madara Uchiha, el mentor y cómplice de Itachi, y que en el pasado el hermano de Madara llamado Izuna también desarrolló el Mangekyō Sharingan. Kakashi Hatake desarrolló el Mangekyō Sharingan a pesar de no tener sangre Uchiha. Tras la muerte de Itachi, su hermano menor Sasuke Uchiha recibió el mangekyo sharingan de su hermano sin trasplantárselos y sus dōjutsus gracias a que antes de morir Itachi se los transmitió Uchiha Madara, poco después se da cuenta de esto al ser atacado por el amaterasu cuando Sasuke se despierta y ve su sharingan.(Según el manga Itachi cuando le tocó la frente a Sasuke le dio sus dōjutsus y programó el amaterasu para que cuando Sasuke viera su sharingan(el de Madara),el amaterasu atacará automáticamente).
Itachi dijo que el requisito para obtener el Mangekyō Sharingan, era matar a tu mejor amigo, no obstante Madara señala más adelante que es la muerte del ser más próximo a uno mismo. Esta forma avanzada del Sharingan concede a su portador un poder y unas técnicas totalmente devastadoras aparte de dotarle de una sensibilidad y agudeza superior a la de un Sharingan desarrollado (Nivel 3) , aunque consume una gran cantidad de chakra. Conduce además a su usuario a una ceguera inevitable conforme se va usando. La única forma de contrarrestar esto según Itachi, es conseguir los ojos de algún miembro de la familia, como lo hiciera Madara con su hermano en el pasado.
El diseño del Mangekyō varía de un usuario a otro. Asimismo, el diseño del Mangekyō Sharingan de Madara después de arrancarle los ojos a su hermano, se convierte en una mezcla de su propio diseño con el de su hermano.
Otra de las habilidades de este dōjutsu es la de controlar a los bijūs, como confirman los grabados de la guarida Uchiha, Itachi y el mismo Madara Uchiha. Itachi Uchiha parecía tener la habilidad asimismo de transferir su doujutsu y todos sus poderes a otra persona, como hace con su hermano Sasuke.
· Tsukuyomi es un genjutsu de alto nivel que solo un usuario del Mangekyō Sharingan puede realizar, en este caso Itachi Uchiha y Sasuke Uchiha. Gracias a esta técnica se puede controlar el tiempo, el espacio, incluso la masa de los objetos. Esta técnica consiste en tele-transportar la mente del enemigo a un mundo imaginario creado por él y usado para torturar mentalmente al oponente, puede causar el dolor más temible a su enemigo durante el tiempo que él desee, dañando directamente su sistema nervioso, haciéndole creer que esta al borde de la muerte.
Como limitaciones más grandes de esta técnica tan compleja y sofisticada, estaría el desgaste mental y de chakra para crear la ilusión del creador, limitándole a un mínimo de reproducciones al día. Sasuke logró librarse de esta técnica gracias al chakra de su sello maldito, ya que al ser este activado, proporciona un chakra a Sasuke ajeno a su cuerpo, como si le aplicara chakra otra persona, pero mucho más poderoso, por lo que el genjutsu es rechazado. También hay quien dice que lo hizo con su Sharingan aumentado gracias al poder de la fase 2.
· Amaterasu sólo se puede usar dominando el Mangekyō Sharingan, en este caso Itachi Uchiha y Sasuke Uchiha son los poseedores de la técnica. Esta técnica consiste en lanzar potentes oleadas de fuego negro, que dejan tras de sí un rastro de llamas oscuras que arde durante 7 días y 7 noches, estas llamas lo consumen todo y se extienden con una velocidad asombrosa sobre aquello que afectan hasta calcinarlo por completo, Como Se demuestra cuando Elimina a orochimaru en forma de serpiente.
Esta técnica reside en el ojo derecho de Itachi y en el izquierdo de Sasuke, supone un gasto de chakra muy considerable y la aparición del fuego negro sobreviene con la mirada del Uchiha, que sólo puede controlarlo cerrando su propio ojo, además el hecho de liberar la técnica hace que el ojo que la produce sangre de manera abundante. Sasuke Uchiha ha logrado apagar las llamas y extinguirlas por completo, incluso devolverlas a su usuario original, utilizando sus dos ojos al mismo tiempo, pudiendo controlar el fuego negro a voluntad.
· Susanoo es la técnica definitiva del Mangekyō Sharingan de Itachi Uchiha, que fue legada a su hermano Sasuke Uchiha. Esta técnica crea una gran criatura etérea y esquelética que progresivamente se convierte en un enorme ser llameante de demoníaco aspecto, esta criatura puede proteger a su invocador de los ataques y pelear por él.
Posee además dos legendarios objetos tanto para el ataque como para la defensa, la Espada de Totsuka, una legendaria arma no corpórea que sella en un genjutsu eterno a todo aquel al que alcanza y el Espejo de Yata, que repele y bloquea todos los ataques lanzados contra el invocador del Susanoo. Estas armas convierten a esta técnica en prácticamente invencible, pero según Sasuke a el le produce un dolor a nivel celular. La razón es que no lo ha perfeccionado ya que no llega a usar mas que una parte del poder del susanoo, ya que en la pelea con su hermano itachi uso hasta la tercera parte del susanoo dándole piel y armadura a dicha criatura, sasuke solo se limita a la primera parte el esqueleto. además del dolor a nivel celular también provoca un fuerte dolor en ambos ojos del usuario del susanoo. Al parecer, la versión de Sasuke adquiere un aspecto más demoniaco, frente al humanoide de Itachi, y además el demonio de Sasuke puede atacar a distancia usando un arco similar a la espada de Totsuka.
· Katon, Gokakyu no jutsu es un </SPAN>Ninjutsu del elemento fuego. lanza una gran bola de fuego.
· Katon, Housenka no jutsu es un </SPAN>Ninjutsu del elemento fuego. Lanza múltiples bolas de fuego.
· Sanzengarasu no jutsu esta técnica de distracción invoca a innumerables cuervos para confundir al enemigo y poder atacarlo, Itachi Uchiha la realizaba en combinación con el poderoso genjutsu de su sharingan y Aoba la utilizó ante Kakuzu para poder atacarlo con una espada oscura y salvar al equipo de Asuma Sarutobi.
· Kage Bunshin no jutsu Ninjutsu en el que se crean a partir de las sombras multitud de cuerpos reales con una cantidad de chakra equivalentes en cada uno, todos los cuerpos creados dependen del real de forma que si la mente de este sufre algún trastorno (como genjutsu o perdida de la conciencia) los clones se deshacen o pueden sufrir el mismo trauma. Para la realización de esta técnica se necesita el gasto de una cantidad de chakra considerable, y tiene que ser capaz de distribuirlo por igual entre todas las replicas.
Naruto es el único ninja que ha logrado evolucionar este jutsu al máximo nivel, a causa de la gran habilidad que tiene para usarlo, haciéndolo siempre de su uso, puede crear la cantidad de clones que desee, sin el gran gasto de Chakra, por eso, solo en Naruto, esta técnica en vez de Kinjutsu se podría clasificar simplemente como Ninjutsu.
El usuario puede crear la cantidad de clones que desee según la situación, pero la cantidad estándar es de cuatro, cuando crea más de lo normal se le suele anteponer al nombre de la técnica tajū (masivo) conformando tajū kage bunshin no jutsu, aunque esto es opcional y no interfiere para nada en la técnica.
Un clon de sombra se puede eliminar dándole un golpe certero ya que se desestabiliza; aunque cabe resaltar que en el caso de naruto sus clones si pueden atacar de manera real al oponente. Una vez que se deshacen los clones, toda la experiencia acumulada por estos vuelve al cuerpo original, pero también el cansancio, aunque no el daño, esta habilidad es utilizada para poder comprender nuevas técnicas y las habilidades del rival. A diferencia de bunshin no jutsu, esta técnica fue diseñada para defender, atacar y confundir.
· Bunshin Daibakuha es un ninjutsu que funciona combinado con kage bunshin no jutsu. En este caso el clon pierde su estabilidad por propia voluntad del usuario, pero se deshace con una gran explosión. Esto se debe a que el usuario concentra todo el chakra del clon en un solo punto después de la desestabilización este chakra es expandido incrementando el poder de la explosión estándar de los clones. Es una técnica a larga distancia, causando daños al enemigo y hasta la muerte si este está muy cerca.
· Karasu Bunshin no jutsu esta técnica es similar a las otras de reemplazo, sin embargo Itachi la utilizaba para hacer caer su enemigo en un genjutsu o técnica ilusoria.
· Magen: Kyōten Chiten (魔幻・鏡天地転, Magen: Kyōten Chiten? Ilusión demoníaca: Cambio de cielo y tierra). Es un contra-Genjutsu. Utilizando la habilidad de copiar técnicas del Sharingan, el usuario puede revertir cualquier genjutsu, a su usuario original.
· Magen: Kasegui no jutsu</SPAN> Mediante este genjutsu paralizante del sharingan ambos hermanos Uchiha detuvieron al sannin Orochimaru cuando trató de apoderarse de sus cuerpos y entrar en sus mentes. Sasuke no sólo lo detuvo sino que fue más allá y volvió el ritual en contra de Orochimaru.
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